Библиотека

26.01.2009

На днях (первый раз за последние 8 лет) возникла потребность воспользоваться библиотекой родного Химического факультета. Был неприятно удивлен временем ее работы: с 13:00 до 15:45. Пришлось приходить второй раз. И на следующий день еще 2 раза (ксерокса в библиотеке нет, зато дают выносить материалы из читального зала на 30 минут).

Возникла потребность в повторении некоторых результатов, опубликованных в 1993 году, что бы на их основании начать новое исследование. Для части методик в работе не приведены даже краткие описания, а даны только ссылки на оригинальные публикации. За одной из них я и ходил в библиотеку. Однако в ‘оригинальной’ публикации 1980 года, требуемая методика была также описана весьма кратко и дана следующая ссылка (совсем уже не реальная) на реферат кандидатской диссертации, защищенной в Ленинграде в 1970 году. :-(((

Исследование распространенности металло-бета-лактамаз в Российской Федерации

21.01.2009

Черкашин Е.А., Федорчук В.В., Иванов Д.В., Сидоренко С.В., Тишков В.И.

Исследование распространенности металло-бета-лактамаз в Российской Федерации

Вестник Московского Университета.
Химия 2006, том 47, № 2, стр. 83-86

Pseudomonas aeruginosa является одним из основных возбудителей гнойно-воспалительных процессов которые могут быть причиной тяжелых осложнений и даже приводить к смерти. Широкое применение в последние годы карбопенемов, которые во многих случаях являются “последней линией обороны” после терапии бета-лактамными антибиотиками на основе пенициллина и цефалоспорина, привело к появлению штаммов P. aeruginosa с высоким уровнем резистентности к этим антибиотикам. Основой формирования резистентности к карбопенемам является приобретение патогенным штаммом гена фермента метало-бета-лактамазы. Нами было изучено 49 штаммов P. aeruginosa, выделенных в госпиталях и клиниках Москвы, С. Петербурга, Ярославля, Иркутска, Саратова, Омска, Казани, Иркутска, Магнитогорска, Екатеринбурга и проявляющих высокую фенотипическую устойчивость (МПК* > 8 мкг/мл) к меропенему или имепенему. Было установлено, что в 65% штаммов присутствуют ферменты типа VIM1 и VIM2. В 2 штаммах в дополонение к бета-лактамазе VIM1 также присутствовал фермент типа IMP1.

*МПК - минимальная подавляющая концентрация

Роль мутаций в ДНК-гиразе и топоизомеразе IV в устойчивости Streptococcus pneumoniae к фторхинолонам

21.01.2009

Федорчук В.В., Грудинина С.А., Кротова Л.А., Черкашин Е.А., Сидоренко С.В., Тишков В.И.

Роль мутаций в ДНК-гиразе и топоизомеразе IV в устойчивости Streptococcus pneumoniae к фторхинолонам

Вестник Московского Университета.
Химия 2002, том 43, № 6, стр. 349-352

Streptococcus pneumoniae является основным возбудителем внебольничной пневмонии, и одной из причин других серьезных заболеваний, таких как менингит, отит, синусит и обострения хронического бронхита. Широкое применение фторхинолонов в последние годы привело к появлению пневмококков с пониженной чувствительностью к этим антибиотикам. Действие фторхинолонов основано на ингибировании двух бактериальных топоизомераз - ДНК-гиразы (топоизомеразы II) и топоизомеразы IV. Основой формирования резистентности к хинолонам являются мутации (аминокислотные замены) в области хинолонового кармана. А соответствующие области генов gyrA, gyrB, parC и parE, называют областями, определяющими устойчивость к хинолонам (QRDR - quinolone resistance determining region). Нами было изучено 190 штаммов S. pneumoniae, выделенных в московских клиниках у пациентов с инфекциями верхних и нижних дыхательных путей. Из них 12 штаммов обладали повышенной устойчивостью к фторхинолонам (ципрофлоксацин и офлоксацин). Фрагменты генов, определяющие устойчивость к хинолонам были выделены при помощи ПЦР из хромосомной ДНК, очищены и отсеквенированы для определения мутаций, ответственных за появление устойчивости к хинолонам.

Добавляем боковую колонку в тему по умолчанию для WordPress

19.01.2009

В теме по умолчанию, с которой устанавливается WordPress, не на всех страницах отображается боковая колонка. Мне показалось это неудобным, и после непродолжительных экспериментов боковая панель была добавлена в страницы, содержащие единичные сообщения. Для этого необходмо отредактировать один из файлов темы: Внешний вид -> Редактор -> Одна запись (single.php). В начале файла в строке <div id=”content” class=”widecolumn”> заменяем класс widecolumn на narrowcolumn. А в конце файла перед строкой <?php get_footer(); ?> добавляем строку <?php get_sidebar(); ?>. Сохраняем изменения и проверяем результат.

Google Analytics

19.01.2009

Решил прикрутить к блогу статистику Google Analytics. Пошел на WordPress Plugin Directory поискать соответствующий плагин, чтобы вручную код не править. Плагинов нашлось сразу несколько:

Последний из плагинов был сразу исключен из рассмотрения, поскольку не обновлялся уже пости год. А вот между превыми двумя выбор был сделан практически наугад в пользу Google Analyticator. Ни каких проблем при установке и настройке не возникло. Посмотрим, как оно теперь заработает…

Моя кандидатская диссертация

16.01.2009

Данным сообщением я открываю серию заметок, посвященных моим публикациям в научной периодике.

На правах рукописи

Федорчук Владимир Витальевич

Повышение термостабильности бактериальной формиатдегидрогеназы методом направленного мутагенеза

02.00.15 - химическая кинетика и катализ

АВТОРЕФЕРАТ
диссертации на соискание ученой степени
кандидата химических наук

Москва - 2000

Установка WordPress 2.7 ru_RU

12.01.2009

Установка русского WordPress 2.7 на мой достаточно древний сервер (Windows Server 2003, Apache 2.0.47, PHP 4.3.6, MySQL 4.0.18) прошла, как и было обещано разработчиками, быстро, безболезненно и успешно. Самым сложным было вспомнить root пароль от MySQL, заданный более 4-х лет назад ;-) С одной стороны давно уже пора обновить все это старье, а с дугой - “Работает - Не трогай!”.

В процессе настройки блога выяснилось, что при изменении вида постоянных ссылок с /?p=123 на /2009/01/12/sample-post/ переходы по ним начинают вызывать ошибку 404. Проблема оказалась в отключенном в моем Apache модуле mod_rewrite.so и после его включения все тут же заработало как надо.

Еще одно замечание, чтобы постоянная ссылка на пост с заголовком написанным по русски имела удобоваримый вид (а по умолчанию туда вставляется шестнадцатеричное представление заголовка в UTF-8) необходимо после сохранения или опубликования записи зайти в ее свойства и изменить ярлык на то, что вы хотели бы видеть в качестве постоянного адреса данной записи.

Поддержка кодировки UTF-8 в редакторе FAR менеджера

11.01.2009

А вот и первая памятка!

Еще в момент установки WordPress возникла неоходимость в редактировании файлов в кодировке UTF-8, а мой любимый FAR Manager версия 1.70 эту кодировку по умолчанию не понимает. При помощи Google решение нашлось довольно быстро, это плагин Unicode Wizard, написанный Иваном Синтюриным.

Если после его устанвки в командной троке FAR’а набрать UTF8:имя_файла и нажать <Enter>, то мы ‘зайдем’ внутрь указанного файла, как в архив. Этот ‘архив’ будет содержать единственный файл с именем и содержимым оригинального файла, но уже в кодировке OEM (DOS). Этот файл можно просматривать и редактировать штатными средствами, причем изменения в нем скажутся и на оригинальном файле.

Однако этот способ связан с многочисленными дополнительными телодвижениями, сильно осложняющими жизнь. Как впрочем, и вызов этого плагина непосредственно из редактора по клавише F11. Для ‘прозрачной’ работы с файлами в кодировке UTF-8 во встроенном редакторе необходимо в настройках FAR’а Options -> Editor settings -> Editor command написать UTF8:*!.! После этого при нажатии Alt+F4 файл автоматически перекодируется из UTF-8 в OEM и откроется в редакторе. При выходе из редктора файл будет снова сохранен в кодировке UTF-8.